Nell'ambito dell'Accademia viene istituito l'Osservatorio Meteorologico che avvia, su iniziativa di Vincenzo Gallo, un regolare servizio di rilevamenti meteorologici e mareografici a partire dall’1 gennaio 1841.
 

Viene installato il primo mareografo nei pressi della Capitaneria di Porto di Trieste.

La scuola assume la denominazione di Imperial Regia Accademia di Commercio e Nautica sotto la direzione di Giuseppe de Lugnani.

Sempre nell'ambito dell'Accademia viene istituito l'Osservatorio Astromico-nautico sotto la direzione di Franz von Schaub.

Heinrich von Littrow viene nominato direttore dell'Accademia di Commercio e Nautica e l'incarico durerà fino al 1863.

Viene sancito l'Ausgleich, il bilanciamento tra Austria e Ungheria; l'Imperatore Francesco Giuseppe viene incoronato Re d'Ungheria. Ciò sarà fonte di ulteriori richieste irredentistiche italiane e slave.
 

L'I.R. Governo Marittimo mette in opera il mareografo ufficiale al Molo Sartorio e ne affida la gestione all'Osservatorio Astronomico-Nautico.

Un violento terremoto di intensità 6.1 Richter colpisce Trieste. L'epicentro è vicino a Ljubljana, dove viene distrutto il 10% degli edifici. A seguito del terremoto verrà fondato l'Österreichischer Geophysikalischer Dienst quale nuovo dipartimento dello Zentralanstalt für Meteorologie und Geodynamik (ZAMG). Nello stesso periodo il cavalier Giuseppe Basevi, su progetto dell'ing. Eugenio Geiringer, fa ampliare la villa di via Tiepolo, comprata dai marchesi Diana, alle dimensioni e fattezze di un castello. 

A lavori conclusi la cede in locazione al Governo per ospitarvi l'Osservatorio Astromico-nautico.

L'Osservatorio Astromico-nautico si stacca dall'Accademia e si trasferisce presso la Villa Basevi, in via Tiepolo 11. La nuova collocazione garantisce una minor interferenza delle luci della città con le apparecchiature astronomiche e viene installato il sismografo Rebeur-Ehlert a triplo pendolo orizzontale, fino a quel momento installato all'ultimo piano di Palazzo Biserini.
L'Accademia rimane, invece, in Piazza Lipsia e da essa discende direttamente l'attuale I.S.I.S. "Nautico-Galvani".
 

L'Osservatorio viene trasformato in Osservatorio marittimo e riorganizzato con le nuove sottosezioni di chimica, oceanografia, sismica, geofisica e astronomia. Il nuovo direttore è Eduard Mazelle, rimasto in carica fino al 1918. Viene assunto come assistente volontario Guido Horn.

L'Osservatorio Marittimo viene preso in consegna dal Regio Comitato Talassografico, che dipende a sua volta dal Ministero della Marina.